Уши у зверька очень маленькие и почти скрыты в густом волосяном покрове (рисунок 1). Губы могут смыкаться за резцами, что дает возможность, находясь под водой, пускать в ход зубы и спокойно разгрызать растения и переносить их. При этом ни вода, ни земля в ротовую полость не попадают.
У ондатры небольшие чёрные глаза, которые при погружении в воду остаются открытыми. Череп массивный, мощные челюсти несут 16 зубов – по шесть коренных и по два резца в каждой, при этом резцы растут на протяжении всей жизни.
Конечности пятипалые, причём задние намного мощнее передних и имеют плоскую, довольно мощную ступню, сверху покрытую волосами. Все пять пальцев задней ступни у основания соединены слабо (Приложение Б), развитой плавательной перепонкой, а жесткие щетинки, растущие по бокам лапы, включая пальцы, помогают плыть быстрее и совершать в воде манёвры. Ондатра, плавая, пользуется только задними конечностями и отчасти хвостом.
Роль хвоста в жизни зверька существенна. Довольно длинный (21-29 см), несколько сплюснутый с боков, он покрыт жесткими щетинками и почти лишён волосяного покрова. Благодаря этому испаряемость влаги с его поверхности высокая и он служит средством регуляции теплообмена и основным органом передвижения во время ныряния. Удерживаясь на большой глубине, ондатра делает хвостом вращательные движения, а при появлении опасности – ударяет им по воде и ныряет, тем самым, предупреждая своих сородичей об опасности.
Волосяной покров ондатры очень густой, сравнительно высокий и мягкий, подпушь очень густая и настолько, что не пропускает воду к телу зверька во время плавания и ныряния под воду. Ость заметно выше, реже и грубее подпуши.
Окраска волосяного покрова у ондатры, населяющей водоемы могут немного разниться от темноватого до подсветлённого.
В верхней части головы или спины по хребту (почти) до корня хвоста окрас шерсти оранжево-коричневый. Этот основной фон на голове и по хребту почти закрыт длинной тёмно-коричневой остью, образующей на голове своеобразную шапочку, а по хребту полосу шириной 5 см, незаметно сливающуюся с окраской боков, которая оранжево-коричневая (рыжая) с небольшой примесью тёмных волос. Ость блестящая.
Подбородок и горло светло-палевые с отдельными оранжево-коричневыми остевыми волосками. На середине подбородка – большое тёмно-коричневое вытянутой формы пятнышко.
Окраска волос передних и задних лап землисто-бурая, испещрённая отдельными оранжево-коричневыми волосками. Грудь и брюшко светло-оранжево-коричневые. Из-за хорошо просматриваемой негустой блестящей ости ясно виден светло-палевый подшерсток. Иногда оттенок окраса груди и брюшка серебристый.
На спине и боках под редко растущей остью находится густая подпушь, сизая у основания и светло-оранжево-коричневая в последней верхней четверти. На груди и брюшке подпушь такой же окраски, только более светлого тона, верхняя часть обычно светло-палевая.
Летний волос зверьков благодаря выпадению значительного количества ости и выцветанию гораздо светлей. Окраска в это время на спине и боках почти охристо-рыжая, более тёмная – на голове и по хребту. Волос тусклый, без блеска.
Шкурки с совершенно созревшим волосяным покровом, т.е. с пышным, блестящим волосом и тонкой кожей, встречаются в основном зимой и ранней весной. С появлением первых полыней, независимо от возраста зверька, волосяной покров начинает перезревать, теряет блеск, концы волос загибаются, кожа на боках тела утолщается и приобретает светло-оранжевую окраску, затем она утолщается на спине, а позднее на брюшке. Одновременно с этим наблюдается выпадение ости. С конца июля начинает подрастать волос всех групп. Затяжной процесс смены волосяного покрова у ондатры свидетельствует о приспособлении зверька к обитанию в водной среде.
В отличие от таких животных как горностай, белка, заяц и других «сухопутных», у ондатры нет чётко выраженного периода смены волосяного покрова. Линька у неё продолжается практически весь год. Но наилучшие по качеству шкурки, можно встретить у большинства зверьков в основном только в марте – начале апреля.