Благодаря своим исследованиям в области метаморфоза растений, Гете начинает критически относится к общепринятым воззрениям Линнея. Он замечает: «причина, помешавшая Линнею подвинуться дальше вперед, состояла в том, что, различные, заключенные друг в друга круги растительного тела – наружную кору, внутреннюю, древесину, сердцевину – он рассматривал как одинаково действующие, в равной степени живые и происхождение частей цветка и плода приписывал этим различным кругам ствола . Однако, это было только поверхностное наблюдение, которое при ближайшем рассмотрении нигде не подтверждается» (цит. по Серебряков К.К., 1941, с.209).
Теория метаморфоза растений долго не могла найти приверженцев среди современников Гете. Об этом свидетельствуют два нижеприводимых мнения ученых начала и середины XIX века. Ученый, современник Гете, Карл Фридрих Кильмейер, критически относился к его морфологическим работам, считая Гете только великим поэтом. Однако, преклонение перед авторитетом великого поэта не помешало ему в одной из своих лекций сказать следующее: « Над вопросом . каковы условия при которых иные органы превращаются в цветки, каковы законы и причины этих превращений, испытывали себя Линней, Вольф и Гете. Однако никто из них не разрешил его, даже, быть может, не уяснил себе сущность вопроса. Линней пришел к ответу ближе всего, трактовка Вольфа содержит меньше всего неправды, ответ Гете дает больше других истин, добытых наблюдением (erfahrungsmassige Wahrheiten), но истины по существу не достигает» (цит. по Канаев И. И. , 1974, с.63). Он говорит далее, что Гете объяснил столь же мало, как и его предшественники, следующая его цитата о теории метаморфоза дает об этом его мнении достаточно четкое представление: «Эта теория в сущности вовсе не теория. Основы и самый факт ясно представлены однако сущность проблемы не стала яснее» (цит. По Канаев И.И., 1974, с.63).
Очень грустно, что признание широких научных кругов поэт-естествоиспытатель получил только на склоне жизни. Об этом он сам пишет в письме к зоологу Карусу, посвятившему ему свою книгу по сравнительной анатомии, следующим образом: «старость не может испытать большего счастья, чем чувствовать себя врастающей в молодое поколение, чувствовать, что растет с ним теперь дальше. Годы моей жизни, которые я, отдаваясь естествознанию, должен был проводить в одиночестве, так как я был в противоречии со своим временем, теперь идут мне в высшей степени на пользу, потому что я чувствую себя в согласии с современностью, находясь на той возрастной ступени, когда обычно исключительно хвалят прошедшее .» (цит. по Канаев И.И, 2000, С.201).