Учёты ондатры могут быть сплошными или выборочными. Более точные данные получают при сплошных учётах на всех водоёмах охотничьего хозяйства или обследуемого участка. Выборочный учёт ондатры проводится путём закладки пробных площадок размером 100-200 га в таком количестве, чтобы они захватывали не менее 10% ондатровых угодий. Площадки закладываются равномерно по территории всех типов водных угодий (желательно, чтобы они были постоянными из года в год). Полученные на площадках учётные данные распространяют на площадь сходных типов водоёмов.
По берегам водоёмов, где ондатра обитает в норах, закладываются учётные маршруты протяжённостью не менее 10 км для каждого типа водоёма. При обработке материалов расчёт семей ондатры ведут на 1 км береговой линии. Размер учётной площади можно определить умножением длины маршрута на 50 м.
В период учёта (весной и осенью) отмечается уровень воды по водомерной рейке (накопление этих данных позволяет судить о благоприятности условий данного года для ондатры).
Весенний учёт ондатры по жилищам. Учитывать ондатру весной по жилищам следует в зависимости от местных условий в апреле-мае или начале июня. Учёт ведут в период, когда весеннее расселение зверьков закончилось и каждая пара («семья») имеет своё жилище- нору или хатку. У большинства пар в это время на основной территории уже появляется молодняк, но щенки не выходят из убежища. Этот период удобен для учёта ещё и тем, что растительность только начинает развиваться и, следовательно, высокорослые растения- тростник, рогоз, камыш и осоки- не закрывают от учётчика хатки и входы в норы. Каждое учтённое весной обитаемое жилище- осенью можно условно принять за семью, насчитывавшую в среднем 10 зверьков (при благоприятных условиях обитания).
При высокой плотности населения ондатры определить границы семейных участков бывает трудно, поэтому проводится условное выделение семей с учётом того, что семьи селятся друг от друга на расстоянии не ближе 50 м. На водоёмах, где ондатра обитает в норах, учёт лучше проводить вдвоём. Один учётчик идёт по берегу и отыскивает норы, а другой плывёт на лодке, осматривает полосу прибрежной растительности.
Осенний учёт ондатры целесообразно проводить во второй половине августа- начале сентября, чтобы полученные данные можно было использовать для планирования добычи. К этому времени распределение и количество семей ондатры на водоёмах, по сравнению с весенним периодом, изменяется: добавляются семьи, позже приступившие к размножению, часть семей за лето может погибнуть, подселяются зверьки из усохших и обмелевших участков.
В этот период количество обитаемых убежищ не соответствует количеству семей. Семья ондатр обитает в нескольких хатках или норах и может иметь оба типа убежищ одновременно.
На семейном участке находятся обычно 4-6 хаток или нор, причём вблизи одной или двух больших хаток ондатры устраивают несколько маленьких. Кормовые хатки и группы кормовых площадок появляются и около нор. Радиус семейного участка редко превышает 50 м.
Техника проведения учёта осенью та же, что и весной, но подсчитываются не жилища, а семейные поселения. При большой плотности заселения угодий определить границы семейных участков бывает затруднительно. Поэтому целесообразно подсчитывать все хатки и норы с одновременным определением среднего показателя количества жилищ, приходящихся на одну семью в каждом типе водоёма. Разделив общее число жилищ на среднее их количество в семье, получают число семей в определённом типе водоёма.
Плотность заселения вычисляется для водоёмов с площадным зарастанием на 1 га водопокрытой или полезной площади, а для водоёмов с линейным зарастанием- на 1 км береговой полосы. Разделив количество семей ондатры, учтённых на данном водоёме, на площадь водоёма или длину береговой линии, получают среднюю плотность поселений ондатры в угодьях данного типа, которую можно использовать для экстраполяции на такие же угодья, не охваченные учётом.