Мех густой, многоярусный, на спине более тёмный, на брюшке светлее. У самца половое отверстие и анальное находятся в 3 см. у самки половое, анальное и мочевое отверстия находятся на наименьшем расстоянии друг от друга.
Вес внутренних органов ондатры: сердце – 2 г 820 мг, почки – 8 г 750 мг, печень – 4 г 530 мг, лёгкие – 1 г 120 мг. Вес внутренних органов самки ондатры: сердце- 2г 230 мг, почки- 6 г 830 мг, печень- 3г 340 мг, лёгкие- 950 мг.