Череп претерпевает существенные изменения в онтогенезе. Затылочная кость новорожденного ребенка состоит из четырех частей: базилярной, двух латеральных и чешуи, разделенных пластинками хряща. Сращение их начинается на втором году жизни. В первую очередь происходит сращение чешуи с латеральными частями. Срастание базилярной части с латеральными частями начинается в 3—4 года и заканчивается в 6—10 лет. Название частей сохраняются и для кости взрослого, на которой границ их, как правило, незаметны. В 16—17 лет затылочная кость срастается с лежащей впереди нее клиновидной, но след бывшего здесь хряща обычно остается заметным.
Клиновидная кость к моменту рождения образована тремя частями: центральной, состоящей из тела и малых крыльев; больших крыльев с латеральной пластинкой крыловидного отростка и медиальной пластинки крыловидного отростка, которые срастаются в течение 3—8-го годов жизни. У новорожденного клиновидная пазуха представляет собой небольшую полость, которая растет, в теле клиновидной кости. В возрасте 8—10 лет пазуха находится внутри тела этой кости, впоследствии (11 —15 лет) достигает размеров пазухи взрослого.
У новорожденного ребенка лабиринты решетчатой кости наряду с хрящевой перпендикулярной пластинкой являются самостоятельными частями, которые на 5—6-м году жизни срастаются в единую решетчатую кость. У новорожденного выражены лишь 3—4 округлые передние ячейки решетчатого лабиринта, впоследствии их форма становится более многообразной, а окончательная устанавливается в возрасте 12—14 лет.
Височная кость у новорожденного ребенка состоит из трех частей: чешуйчатой, барабанной и каменистой. Срастание частей височной кости начинается еще до рождения и заканчивается к 13—14 годам. Барабанная часть у новорожденного имеет вид незамкнутого кольца, на котором натянута барабанная перепонка. В первые годы жизни поперечный размер кольца увеличивается, оно превращается в трубку и как бы оттесняет каменистую часть в медиальном направлении. Эта трубка расширяется и формирует задненижнюю часть наружного костного слухового прохода, крыша которого образована чешуйчатой частью. Нижнечелюстная ямка новорожденного сглажена, она формируется окончательно лишь в возрасте 6 лет, а в старости вновь уплощается. Суставной бугорок появляется в возрасте 7—8 мес, но принимает постоянную форму лишь после смены молочных зубов постоянными. Верхний край чешуи височной кости у новорожденного почти прямой.
У новорожденного лобная кость состоит из двух половин, соединенных лобным швом (метопическим). Процесс сращения обеих половин начинается в средней части шва на 6-м месяце после рождения, затем распространяется вверх и вниз, заканчиваясь концу 3-го года жизни. Лобная пазуха у новорожденного ребенка имеет вид полосы, которая к концу 4-го года достигает величины горошины, в возрасте 7—8 лет — несколько увеличивается, в 9—11 лет составляет 50% окончательной величины. Лишь в 12—14 лет устанавливается форма уплощенного спереди назад лепестка.
Верхняя челюсть. Верхнечелюстная пазуха у новорожденного развита слабо. Ее окончательная неправильная округлая форма образуется в возрасте 7 лет. Альвеолярная дуга новорожденного ребенка имеет вид широкого короткого желоба. После рождения альвеолярная дуга удлиняется, что связано с прорезыванием зубов, а верхнечелюстной бугор увеличивается.
К моменту рождения обе половины нижней челюсти соединены между собой фиброзной тканью. Их костное сращение начинается на третьем месяце после рождения и оканчивается в 2-летнем возрасте. У новорожденных и детей первого года жизни нижняя челюсть имеет более закругленную форму, ветвь короткая, квадратной формы, с возрастом она удлиняется, угол нижней челюсти тупой (140—150°). В зрелом возрасте размеры угла приближаются к прямому. В пожилом и старческом возрасте у людей, потерявших зубы, ветвь становитя короче, угол увеличивается, альвеолярная часть атрофируется. Срастание частей подъязычной кости в единую кость происходит в возрасте 25—30 лет.