· Растения являются субстратом, на который многие рыбы (фитофильные) откладывают икру. Их заросли служат убежищем от хищников. При этом у многих рыб, постоянно живущих среди растений, вырабатывается специфическая форма тела, делающая их незаметными в этой среде.
· Растения используются в пищу многими рыбами. Низшими растениями питаются многие карповые (белый толстолобик, отчасти плотва и серебристый карась, храмуля, подуст и др.), некоторые цихлиды Tilapia esculenta; высшие растения потребляют белый амур, красноперка, отчасти карась.
· Однако в пресных водах имеются и вредные для рыб растения. Животноядная пузырчатка Utricularia и Aldrovandia захватывают как личинок рыб, так и в большом количестве планктон, вследствие чего обедняется кормовая база в зарослевых участках (в одном растении было насчитано до 3570 шт. захваченных организмов планктона).
· Сине-зеленые водоросли выделяют токсины, которые вызывают увеличение активности фермента, расщепляющего витамин B1 (тиаминаза), вследствие чего у рыб развивается авитаминоз-В1 . Цветение водоема, вызванное массовым развитием этой группы водорослей, кроме резкого ухудшения гидрохимического режима при их разложении может быть причиной отравления рыб, сельскохозяйственных животных и человека.
· Некоторые грибы являются возбудителями различных заболеваний. Широко распространенные грибки из родов сапролегния Saprolegnia и ахлия Achlia поражают и взрослых рыб и икру; грибок бранхиомицес Branchiomyces sp. является возбудителем жаберной гнили, или бронхиомикоза.
· Жизнедеятельность рыб тесно связана с бактериальной флорой. Существует ряд полезных бактерий, некоторые из которых обладают свойством растворять грибы, являющиеся вредителями рыб, другие принимают участие в пищеварении, третьи служат непосредственно пищей молоди рыб и планктонным организмам. С другой стороны, непосредственную опасность для рыб представляют бактерии и вирусы, вызывающие такие болезни, как краснуха карпов, панкреанекроз форелей, фурункулез лососей. Эти заболевания часто приводят к массовой гибели рыб.
· Беспозвоночные играют в жизни рыб огромную роль. Прежде всего велико их пищевое значение. При переходе на питание внешней пищей на ранних личиночных стадиях рыб самые мелкие представители беспозвоночных — простейшие и коловратки — являются основной Пищей молоди. В дальнейшем более крупные объекты — различные представители ракообразных, червей, моллюсков, насекомых — составляют пищевую базу самых различных мирных рыб.
· Вместе с тем представители этих групп могут быть непосредственными врагами молоди рыб. Хищные коловратки, циклопы, водные насекомые — жуки-плавунцы, гладыши, скорпионы, личинки жуков и стрекоз — при массовом развитии могут наносить большой урон молоди в нерестовых прудах. Самое же большое отрицательное значение беспозвоночных заключается в том, что во всех их группах встречаются или непосредственные возбудители, или промежуточные хозяева опасных возбудителей болезней рыб.
· Такие опасные болезни, как хилодонеллез, ихтиофтириоз, триходиниоз вызываются инфузориями хилодонелла Chilodonella sp., ихтиофтириус Ichthyophthirius sp., триходина Trichodina sp.; костиоз — жгутиконосцем костия Costia sp.; вертёж лососевых — споровиком миксозома Myxosoma sp., а черно-пятнистая болезнь передается моллюском катушкой Planorbis sp. Сосальщики паразитируют на жабрах рыб (дактилогирус Dactylogyrus sp. и гиродактилюс Gyrodactylus sp.), в кровеносных сосудах (сангвиникола Sanguinicola sp.), в глазах (диплостома Diplostoma sp.); ленточные черви — гвоздичники Сагуорhyllaeus sp. и ботриоцефалюс Bothryocephalus sp. — поселяются в кишечнике, а круглый червь филометра Phyllometra sp. — в мышцах и т. д. Циклопы являются промежуточными хозяевами ленточного червя ботриоцефалюса, олигохеты — гвоздичника, а моллюск-прудовик диплостомы.