Депрессия запасов омуля в озере Байкал в семидесятых годах прошлого века была третьей в течение 19-20 столетий. Главной причиной этих депрессий являются циклические изменения климата и водного режима бассейна Байкала, зависящие от колебаний солнечной активности. Современная депрессия в весьма сильной степени усугубляется наложением дополнительных отрицательных факторов, зависящих от человеческой деятельности, среди которых весьма значительную роль играют всё возрастающие размеры вырубки лесов в бассейне Байкала, отражающиеся на снижении водности нерестовых рек, засорение рек при лесосплаве, а также загрязнение главной омулевой реки Селенги неочищенными стоками многочисленных промышленных предприятий. Существенную отрицательную роль оказывает также нерациональный во времени и в пространстве рыбный промысел и весьма сильно развитое браконьерство в период нерестовой миграции. Все эти факторы, вместе взятые, могут обусловить более низкий уровень современной депрессии, чем это было в прошлом». (Тюрин 1969).
Крупнейшим притоком Байкала является река Селенга. Дельта Селенги это уникальный природный объект, она является основной точкой в Восточной Сибири на пути миграции перелетных птиц. На мелководье дельты располагаются главные нерестилища байкальского омуля.
Малая часть загрязнения озера приходится на Читинскую область. Деревообрабатывающие и металлургические предприятия города Петровск-Забайкальский и несколько фабрик в Красночикойском и Хилокском районах ежегодно сбрасывают в реки Чику и Хилок, которые являются притоками Селенги более 20 млн. кубометров сточных вод.
Главные источники загрязнения реки Селенги располагаются в Бурятии. Там находятся большие промышленные города, например Улан-Удэ и Селенгинск. Очистные сооружения города Улан-Удэ дают 35% от общего количества отходов сбрасываемых в Селенгу.
В 1973 году, невдалеке от г. Селенгинска и в 60 километрах от Байкала был открыт Селенгинский целлюлозно-картонный комбинат. С 1991 года там используется система замкнутого водооборота.
Как заверяет руководство комбината, сброс отходов производства в р. Селенгу полностью прекращен. Но при этом предприятие продолжает загрязнять воздух, за год выбрасывается более чем 10000 кубометров твердых отходов, которые просачиваются и оказываются в водах Селенги, а затем и в Байкале.
Химические вещества, применяемые в сельском хозяйстве смываются в Селенгу с дождями. Кроме того на качество воды в Байкале отрицательно сказываются сброс отходов животноводства и эрозия почв. В дельтах реки Селенги, по результатам исследования 2006 года, концентрация тяжелых металлов таких как цинк, свинец и медь превысила норму в полтора-два раза.
Сильное загрязнение дельты р. Селенга является основной причиной гибели икры омуля(http://ecoproblems.blogspot.com/2009/01/blog-post 6374.html).