Воды реки Селенги относятся к группе кальция гидрокарбонатного класса вод по классификации О. А. Алекина – НСО3 > Са2+ + Mg2+.
Минерализация воды от 100 до 200 мг/л. Воды р. Селенги формируются в условиях гористых ландшафтов Северной Монголии и степных, лесостепных и отчасти таежных ландшафтов Западного Забайкалья. На протяжении большей части своего течения река сохраняет степной характер. В ее питании главную роль играют дождевые воды, вызывающие мощные летние паводки. Но благодаря особенностям геологического строения бассейна, сложенного кристаллическими породами, хорошей промытости почвогрунтов и незначительности подземного питания, минерализация воды р. Селенги остается невысокой.
Содержание сульфатов возрастает в период летних паводков (Дегопик, 1952). Хлориды, благодаря незначительности их концентраций, как правило, не имеют четко выраженных сезонных изменений своего содержания.
Количества кальция и магния изменяются также, как и гидрокарбонатов. Сумма щелочных металлов изменяется в течение года несколько менее закономерно. Содержание двуокиси кремния варьирует от 5 до 15– 20 мг/л.
На реке своеобразные сезонные изменения окисляемости. Высокие ее величины в их воде наблюдаются в течение всего летнего периода – с мая по август или даже сентябрь. Это обусловлено, по нашему мнению, тем, что, благодаря большим площадям бассейнов, различиям погодных условий и разновременности наступления паводков в разных частях бассейнов, снос органического вещества происходит также разновременно. Такое явление приводит к постоянному пополнению речных вод органическим веществом в течение всего летнего периода. (http://www.baikal-center.ru/books/element.php?ID=1126).
Величины рН воды изменяются обычно в соответствии с сезонными колебаниями свободной СО2. В целом они чаще лежат в нейтрально-щелочной области – в пределах 7,2–7,8.
Гидрохимический режима также характеризуется снижением минерализации воды до годового минимума весной, повышением в период летней межени, последующим ее снижением во время летне-осеннего паводка и плавным повышением в течение остальной части года. Как видно, гидрохимический тип р. Селенги целиком определяется типом гидрохимического режима ее главнейших притоков. Тип этот соответствует казахстанскому типу классификации О.А. Алекина. (Г.И. Галазий, К.К. Вотинцев. 1978).
Изменение качества воды естественных водоисточников — химического состава, температуры и насыщенности кислородом. Развитие икры происходит при очень малых температурных колебаниях: от 0,1—0,2° до 2—2,5° С. При более высокой температуре нарушается скорость развития эмбрионов и появляется большое количество уродливых, нежизнеспособных личинок. То же происходит и при изменении химического состава воды.