Главным местом обитания омуля считается озеро Байкал. Эта рыба способна жить как в пресной, так и в соленой воде, и прекрасно себя чувствует в прибрежных зонах северных морей в тех местах, где в них впадают крупные реки. В этих местах вода не такая соленая, а с течением приносит большое количество планктона и рачков, составляющих основу питания омуля. Из всех сиговых рыб омуль занимает наиболее северные районы, выдерживает соленость до 20-22 %о, временами заходит в воды с более высокой соленостью. ( Тюрин П. В.1969).
Помимо Байкала и прибрежных зон северных морей, омуль обитает и в более мелких водоемах, например, в небольших озерах в бассейне реки Пенжина. Омули совершенно не контактируют со своими собратьями, что дает возможность выделить их если не в отдельный вид, то в подвид точно. Это озерно-речной проходной литофильный вид (Мишарин, 1958).
Различают печорское, енисейское, хатангское, ленское, индигирское и колымское стада омуля. В Байкале также выделяют несколько экологических форм (рас) омуля (прибрежная, пелагическая и придонно-глубоководная или по местам нереста - чивыркуйская, селенгинская, посольская, северобайкальская), которые различаются местообитанием, сроками и местами нереста (Черняев, 1968, 1982; Смирнов, Шумилов, 1974).
В Байкале в настоящее время выделяют три группы омулей, имеющие эколого-морфологические различия: пелагическая (селенгинская), прибрежная (северобайкальская и баргузинская), придонно-глубоководная (посольская, чивыркуйская и другие популяции, размножающиеся в малых реках). Основу каждой составляют популяции, нерестящиеся в разных по длине притоках Байкала.
В самом крупном притоке Байкала - р. Селенге нерестится пелагический омуль (многотычинковый) быстрорастущий и созревающий в 7-8 лет, который имеет сигарообразное тело, большие глаза, узкий хвостовой плавник, часто сидящие на жаберной дуге тычинки (44-55). Он обитает в пелагиали Байкала, во время нереста поднимается вверх по реке до 1600 км. Питается живущими в толще воды организмами: зоопланктоном, макрогектопусом, пелагическими бычковыми и их личинками. Зимует омуль на глубине 200-300 метров.
В средних по длине реках нерестится прибрежный омуль (среднетычинковый) наиболее скороспелый и медленно растущий, созревает в возрасте 5-6 лет. Рыбы имеют длинную голову, высокое тело и хостовой плавник, редко сидящие жаберные тычинки в числе 40-48. Он нагуливается в прибрежной зоне Байкала, для нереста заходит в реки Верхняя Ангара (640 км), Кичера (150 км) и Баргузин (400 км). Питается зоопланктоном (23%), средних размеров макрогектопусом (34%), пелагическими бычками (26%) и другими объектами (17%).
Придонно-глубоководный омуль (малотычинковый) населяет Байкал до глубины 350 м. Характеризуется наибольшей высотой тела и хвостового плавника, длинной головой, малым числом (36-44) грубых и длинных жаберных тычинок. Эта раса идет на нерест позже всех (с середины октября) и подобно селенгинской быстро растет.Нерестится в малых притоках Байкала с длиной нерестового пути от 3-5 км (р. Безымянка и р. Малый Чивыркуй) до 20-30 км (р. Большой Чивыркуй и р. Большая Речка). В пище преобладают макрогектопус средних размеров (52%), рыбы (25%), донные виды гаммарид (12%) и зоопланктон (10%). Посольский омуль с 1933 года искусственно разводится на Большереченском рыбоводном заводе. Осенью, во время икромета, каждая раса уходит в свою реку. (http://www.omul.ru/3.html).