Вид представляет собой в действительности гораздо более сложную систему, чем просто совокупность скрещивающихся сходных друг с другом особей. Внутри вида существует сложная иерархическая система территориальных популяций, которая является приспособлением к оптимальному использованию всего разнообразия условий в разных районах видового ареала. Менделеевская популяция, панмиксия, ассортативное скрещивание. Частоты генов и генотипов. Самостоятельность генетических процессов, происходящих в разных популяциях: специфический генофондом (собственное соотношение частот аллелей и спектра изменчивости).
Частота встречаемости разных аллелей в популяции определяется частотой прямых и обратных мутаций, давлением отбора, обменом наследственной информацией с другими популяциями в результате эмиграции и иммиграции особей.
Закон Харди-Вайнберга (1908): процесс наследственной преемственности не ведет к изменению частот аллелей и генотипов. При случайном скрещивании равновесные частоты генотипов по данному локусу достигаются за одно поколение, если исходные частоты аллелей одинаковы у обоих полов. Математически задается возведением в квадрат многочлена: (p+q+….+r)2 . Частоты аллелей не изменяются от поколения в поколение.
Классическая (преобладают аллели дикого типа) и балансовая (не существует выраженных аллелей дикого типа) модели популяционной структуры. Согласно классической гипотезе, каждая особь почти в каждом локусе гомозиготна по какому-либо гену «дикого типа». Балансовая гипотеза в своей экстремальной форме в противоположность классической постулирует, что особи из свободно скрещивающихся размножающихся половым путем популяций гетерозиготны почти по всем своим локусам, а гомозиготные локусы встречаются лишь у потомков от близкородственных скрещиваний
Различия популяций, населяющих удаленные или относительно изолированные друг от друга области, становятся более отчетливыми в связи с уменьшением обмена генетической информацией между ними. Результатом достаточно продолжительной изоляции является формирование подвидов, под которыми понимаются популяции данного вида, населяющие разные участки видового ареала и характеризующиеся устойчивым комплексом морфологических, физиологических и экологических признаков, закрепленных наследственно. Однако подвиды полностью сохраняют скрещиваемость друг с другом, и если контакт между ними вновь расширяется, возникает зона интерградации, в которой в результате гибридизации особи имеют промежуточное состояние признаков.
Структура биологического вида. Аллопатрические, перипатрические, парапатрические и симпатрические популяции. Непрерывная (клинальная) и прерывистая (ступенчатая) географическая изменчивость. Экотипы и экологические расы. Локальные и географические расы, подвиды. Полувиды и сингамеоны. Кольцевые виды. Виды-двойники – результат длительной изоляции популяций, обитавших в одинаковых (сходных) условиях.