Основные труды:
Regeneration. N-Y: Macmillan, 1901;
Heredity and Sex. N-Y: Columbia Univ. Press, 1913;
The Theory of the Gene. New Haven, CT: Yale Univ. Press, 1932;
The Scientific Basis of Evolution. London: Faber and Faber, 1932.
Томас Морган и его ученики (Г. Дж. Меллер, А. Г. Стертевант и др.) обосновали хромосомную теорию наследственности; установленные закономерности расположения генов в хромосомах способствовали выяснению цитологических механизмов законов Грегора Менделя и разработке генетических основ теории естественного отбора.