Первую статью о дрозофиле Морган опубликовал в 1910
-м году, но в полную силу его аргументы были изложены в 1915
-м, когда его ученики - Стертевант, Бриджес и Меллер, выпустили книгу Механизмы менделевской наследственности, в которой объявили, что наследственность подчиняется вполне определенным законам, и ее можно описать точными количественными методами. Тем самым открывалась дорога к целенаправленному конструированию новых сортов растений и пород животных, к революции в медицине и в сельском хозяйстве.
Моргану было уже под пятьдесят и профессиональное признание не заставило себя ждать.
В 1916
году Морган представил серию лекций в Принстонском университете, позднее опубликованы в качестве критика теории эволюции, менделевской теории наследственности и дарвиновскоя теория естественного отбора. Он сформулировал пересмотренный вариант теории Дарвина естественного отбора, который стал известен как современный эволюционный синтез.
В 1919
он был избран Иностранным Членом Лондонского Королевского Общества, в 1924 награжден Дарвиновской Медалью; Морган стал членом академий наук разных стран (а также в декабре 1923 и членом акадмии наук СССР). В этом же году публикуется его книга: Механизм менделевской наследственности. В конце 20-х он возглавил Национальную академию наук США.
1924год. Морган награжден Медалью Дарвина (англ. Darwin Medal)- высшая награда Королевского общества Великобритании. Присуждается за выдающиеся достижения в биологии, в тех областях, в которых работал Чарлз Дарвин.
В 1928
году Морган перешел в Калифорнийский технологический институт с тем, чтобы организовать новый биологический отдел. Что его интересовало в этом предприятии, так это возможность организовать отдел, как он того хотел, и притом в институте, где на высоте находилась физика и химия, где царила исследовательская атмосфера и где работа со студентами была направлена на то, чтобы вырастить из них исследователей. Морган оставался в институте до самой своей смерти, но каждое лето он регулярно возвращался в Вудс-Ход. Ученики Моргана за десяток лет успели изучить триста поколений дрозофил.
В 1932
году выходит его книга « Roles of Mutation, Inbreeding, Crossbreeding and Selection in Evolution»
В 1933
году за открытия, связанные с ролью хромосом в наследственности Томасу Моргану была присуждена Нобелевская премия по физиологии и медицине «за открытия, связанные с определением роли хромосом в наследственности организма». После получения Нобелевской премии Томас Хант Морган продолжал административную деятельность в Калтеху, объединяя ее с изучением биологической регенерации у голубей, саламандр и редчайших видов мышей. Морган в жизни был очень щедрым человеком и нередко финансировал обучение особенно одаренных студентов.
В тридцатые годы Вавилов писал: «Законы Менделя и Моргана легли в основу современных научных представлений о наследственности, на которых строится селекционная работа, как с растительными, так и с животными организмами . Среди биологов XX века Морган выделяется как блестящий генетик-экспериментатор, как исследователь исключительного диапазона».
1941г. Томас Морган получил звание почетного профессора биологии в Калтеху.
Морган любил подразнить, любил разыграть. Один из его друзей-ученых признался, что зачастую спорил с Морганом, но всякий раз, когда он начинал думать, что его доводы взяли верх, то внезапно обнаруживал, что, сам не понимая, как это произошло, приводит аргумент с противоположной, проигрывающей стороны. Вот так умел устроить гениальный ученый. Но, с другой стороны, Морган всегда был доброжелателен, всегда готов помочь, и если вы хотели с ним что-либо серьезно обсудить, будь то научные или личные вопросы, он всегда готов был оказать поддержку. Два самых бранных слова Моргана были: «метафизический» и «мистический». Слово «метафизический» означало для него нечто связанное с философской догмой, некое объяснение, недоступное проверке опытом.
В последние годы жизни приобрел маленькую лабораторию в Корона дель Мар (Калифорния).
Умер Томас Хант Морган в Пасадене 4 декабря 1945 г. от внезапного желудочного кровотечения.