Воды Оби на участке от устья Томи до устья Иртыша характеризуются по классификации О.А. Алекина как пресные с малой и средней минерализацией (от 70мг/л в период весеннего половодья до 430мг/л в зимнюю межень).
По величине рН воды относятся в среднем к нейтральным, в летне-осенний период - к нейтральным и слабощелочным. Величина рН изменяется от 8,00 до 6,60. Максимальное абсолютное значение рН выявляется в период зимней межени. Это объясняется тем, что кислая и слабокислая реакция водной среды формируется в период открытой воды, когда питание рек осуществляется за счет кислых поверхностно-склоновых и почвенно-грунтовых вод на заболоченных водосборах. В период ледостава единственным источником питания рек становится подземное питание, в результате чего сглаживающее картину поверхностное влияние прекращается, рН возрастает до щелочных значений, характерных для нарушенных участков водотоков преимущественно с рекреационной нагрузкой.
Цветность воды является одним из показателей присутствия растворенного аллохтонного органического вещества. Несмотря на то, что в период половодья основная масса аллохтонной органики поступает с поверхностно-склоновыми водами в водотоки, в этот период наблюдается минимальные значения цветности, что подтверждает разбавляющую роль воды в формировании цветности. В период осенней межени происходит снижение уровня воды с одновременным концентрированием органического вещества. (Е.А. Шорникова, 2007).
Начиная с 50-х гг. ΧΧ века, поверхностные воды Средней Оби испытывают прогрессирующую антропогенную нагрузку, связанную с освоением и эксплуатацией объектов нефтегазового комплекса, интенсивной урбанизацией и созданием обширной и разноплановой инфраструктуры. Характерными загрязняющими веществами бассейна Оби являются соединения железа, меди, цинка, азота аммонийного, нефтепродуктов и фенолов. В наибольших количествах (до 7мг/л и более) в речных водах Оби содержатся Fe, Si и нитрат-анион, в наименьших - фосфат-ион и нитрит-ион. Содержание аммонийного аниона и нитрат-иона являются показателями, по которым качество воды в Оби с вероятностью от 20 до 60% не соответствует установленным нормативам рыбохозяйственного водопользования (О.Г. Савичев, 2003).
Наибольшее содержание железа и марганца наблюдается в зимний и весенний периоды до вскрытия реки, что связано с недостатком кислорода и преобладанием грунтового питания в подледный период (до 30%). Высокое содержание марганца и железа в водах реки обусловлено также и специфическими природными факторами. В подземных водах района характерным является присутствие повышенных концентраций Fe и Mn, что связано с интенсивной заболоченностью территории, насыщенностью органикой и железистыми материалами. Качество воды в средней части реки соответствует ІІ классу качества за счет уменьшения содержания нефтепродуктов, тогда как в нижней части Оби класс качества воды изменяется от "грязной" до "чрезвычайно грязной". В Верхней Оби соответствует III классу качества ("умеренно грязная") (Л.И. Алферова, В.В. Дзюбо, 2005).
Нефтепродукты являются основным видом загрязнения поверхностных вод на территории Среднего Приобья. Минимальная концентрация наблюдается в период половодья. В период осенней и зимней межени, когда расход воды в реке минимален, наблюдается увеличение содержания нефтепродуктов. Присутствие в воде фенолов обусловлено как природными особенностями заболоченных водосборных территорий, так и их поступлением от объектов нефтедобычи в составе нефтесодержащих сточных вод. Максимальное содержание фенолов в воде реки отмечается в период половодья, когда их поступление осуществляется с поверхностно-склоновыми водами (Е.А. Шорникова, 2007).